SMP Negeri 3 Pupuan Kabupaten Tabanan didirikan pada tahun 1992, berlokasi di Jalan Saraswati No. 5 Desa Belatungan, Kecamatan Pupuan, Kabupaten Tabanan. Pada mulanya sekolah ini didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan kebudayaan RI Nomor 0216/O/1992 tanggal 05 Mei 1992 sebagai Sekolah Menengah Pertama dengan nama SMP Negeri 3 Pupuan yang terletak di wilayah Kabupaten Tabanan. 

Tahun demi tahun SMP Negeri 3 Pupuan selalu mengalami perkembangan/ kemajuan, baik dari segi kualitas dan kuantitas Pendidik, Tenaga Kependidikan, dan Peserta Didik. Sejak awal didirikan hingga saat ini SMP Negeri 3 Pupuan telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan, yakni :

1. Nyoman Rujana (alm)
2. I Wayan Sumawa, S.Pd
3. I Dewa Nyoman Sukadana, S.Pd
4. I Dewa Ketut Winastra, S.Pd
5. I Ketut Gede Arsa, S.Pd, M.pd
6. I Made Sudiana, S.Pd (sekarang)

SMP Negeri 3 Pupuan yang berdiri di atas lahan seluas 8900 meter persegi, letaknya sangat srategis berada di ujung barat daya wilayah Kabupaten Tabanan. Jaraknya kurang lebih 65 km dari kota Tabanan dengan suhu rata-rata 25 derajat celsius. Letak SMP Negeri 3 Pupuan pada posisi strategis yang jauh dari kebisingan dan keramaian, berada di pusat Pemerintahan Desa Belatungan, berada di dekat lapangan umum dan Pura Dalem Desa Adat Belatungan,  di sebelah barat berbatasan dengan hutan lindung, sehingga proses pembelajaran dapat berjalan dengan lancar tanpa gangguan kebisingan dan polusi kendaraan bermotor. Kondisi yang seperti itu memberikan nuansa yang sangat kondusif dan nyaman dalam melaksanakan proses pembelajaran.

Ciri khas sekolah kami adalah memiliki lahan kebun sekolah yang cukup luas, sehingga sebagian besar peserta didik kami paham dalam hal mengelola lingkungan sebagai bentuk pelestarian alam dan juga kenyamanan saat belajar. Pada hari-hari tertentu misalnya waktu kerja bakti, kami biasanya mengajak peserta didik untuk belajar bercocok tanam seperti mengolah lahan dengan cara merabas, mencangkul, dan memberi pupuk. Setelah itu dilanjutkan menanam bibit kopi, pisang, ketela pohon, dan tanaman talas. Dari hal tersebut membuat sekolah kami memiliki potensi lingkungan alam yang melimpah, sehingga  memberikan nilai eksistensi pada pelestarian lingkungan.